Le chocolat commence par une culture étonnamment vulnérable. Les cacaoyers prospèrent dans des milieux chauds et humides, mais ces mêmes conditions favorisent de nombreuses maladies capables d'abîmer les cabosses, de réduire les rendements et de menacer les revenus des producteurs.

Des chercheurs ont mis au point une nouvelle variété de cacaoyer conçue pour résister à l'une des maladies les plus destructrices de cette culture. Cette avancée associe l'édition génomique moderne à la sélection traditionnelle, et pourrait à terme rendre la production mondiale de chocolat plus résiliente.

<h3>La pourriture brune provoque de lourdes pertes</h3>

L'une des plus grandes menaces pour le cacao est la pourriture brune des cabosses, causée par des agents pathogènes du groupe Phytophthora.

La maladie attaque les cabosses en développement et peut se propager rapidement par temps chaud et humide. À l'échelle mondiale, on estime qu'elle réduit les rendements de cacao d'environ 30 %, et les épidémies sévères peuvent aussi endommager, voire détruire, les arbres.

Le défi devient d'autant plus urgent que le climat évolue.

À l'origine, le cacaoyer a évolué sous la canopée stable de la forêt amazonienne. Il est aujourd'hui cultivé en Afrique, en Amérique latine et en Asie, où les variations de précipitations, de température et d'humidité peuvent stresser davantage les arbres et créer des conditions favorables aux pathogènes.

<h3>Les scientifiques ont modifié un frein génétique</h3>

Les chercheurs se sont concentrés sur un gène du cacaoyer appelé TcNPR3.

Ce gène agit en partie comme un frein sur la réponse immunitaire de la plante. Grâce à la technologie d'édition génomique CRISPR, l'équipe a apporté une très petite modification qui permet aux défenses naturelles de la plante de réagir plus fortement à l'apparition de pathogènes.

Dans l'une des versions de la plante, seules deux bases d'ADN ont été modifiées, sur un génome qui en compte environ 450 millions.

Cette infime modification a pourtant réduit la maladie d'environ 42 % lors des tests en laboratoire.

Le chercheur Mark Guiltinan explique que l'objectif n'est pas seulement de protéger l'approvisionnement en chocolat des consommateurs, mais de donner aux producteurs des outils pour que la culture du cacao reste rentable et durable face à une pression croissante des maladies.

<h3>Des plantes sans ADN étranger</h3>

Après avoir obtenu la modification génétique souhaitée, les chercheurs ont croisé les plantes pour éliminer l'ADN étranger lié à l'outil d'édition génomique.

Il ne restait alors que la mutation ciblée.

Selon les approches réglementaires actuelles aux États-Unis et dans l'Union européenne, certaines plantes obtenues ainsi peuvent être traitées différemment des organismes génétiquement modifiés classiques, qui contiennent des gènes étrangers insérés.

Cette distinction pourrait influencer la rapidité avec laquelle des variétés de cacao améliorées passeront des programmes de recherche aux exploitations commerciales.

<h3>Place aux essais en plein champ</h3>

Les résultats en laboratoire sont encourageants, mais les plantes ne sont pas encore prêtes à être cultivées à grande échelle.

Les chercheurs travaillent désormais avec des partenaires agricoles pour les tester dans des conditions de culture réelles, à Hawaï et à Porto Rico.

La chercheuse Siela Maximova souligne que le prochain grand défi consiste à prouver que la résistance observée lors des expériences contrôlées reste efficace en plein champ.

Dans les exploitations, le cacao est exposé à une météo changeante, à plusieurs pathogènes, à des ravageurs et à des conditions de sol impossibles à reproduire entièrement en laboratoire.

<h3>Sélectionner le cacao prend des années</h3>

Mettre au point des variétés de cacao améliorées est particulièrement lent.

Les arbres ont généralement besoin de plusieurs années avant d'arriver à maturité et de produire des graines, si bien que les sélectionneurs peuvent passer des décennies à évaluer de nouveaux caractères sur plusieurs générations.

Les scientifiques travaillent donc aussi sur des moyens d'accélérer la floraison et de raccourcir les cycles de sélection.

C'est d'autant plus important que les conditions environnementales changent plus vite que le cacaoyer ne peut naturellement s'adapter.

<h3>Un objectif qui dépasse la maladie</h3>

La résistance aux maladies n'est qu'une partie des recherches en cours.

De futures variétés pourraient aussi être conçues pour supporter la chaleur et la sécheresse, accumuler moins de cadmium, adopter un port plus compact ou donner leur première récolte plus tôt.

Les chercheurs étudient même des caractères qui permettraient d'obtenir un cacao naturellement dépourvu de caféine.

La priorité immédiate reste toutefois la résilience.

La pourriture brune et d'autres pathogènes privent déjà chaque année l'approvisionnement mondial d'énormes quantités de cacao. Si les essais en plein champ confirment les résultats de laboratoire, une modification génétique portant sur seulement deux bases d'ADN pourrait offrir aux producteurs un nouvel outil puissant pour protéger l'une des cultures les plus précieuses au monde.